شیخیه باقریه منسوب به میرزا محمد باقر همدانی جندقی هم‌اکنون در برخی از مناطق مرکزی ایران پیروانی دارد؛ و با این وجود از عقاید و دیدگاه‌ها و آثار این گروه، منابع مکتوبِ زیادی در دسترس نیست. پژوهش حاضر به نقد و بررسی آرای کلامی مکتب شیخیه باقریه، با استفاده از روش توصیفی، تحلیلی و اسنادی می‌پردازد.
ازجمله یافته‌های پژوهش آن است که میرزا محمدباقر همدانی، در روش پیرو مشرب اخباری‌گری با تفاسیر خاص شیح احمد احسایی و سید کاظم رشتی است و اندیشه‌های حاج محمد کریم‌خان کرمانی را پذیرفته است اما در مسئله ناطق واحد شیعی به‌شدت مخالف شیخیه کرمان است و حتی آنها را در این باب تکفیر می‌کند.
این مکتب، در مسئله معاد قائل به بدن اصلی شده است که در روز قیامت بدن اصلی محشور می‌شود و بدن عارضی از بین می‌رود و هم‌چنین معراج پیامبر اسلام(ص) را به صورت روحانی پذیرفته است .
مکتب شیخیه باقریه آل محمد را واسطه فیض خدا در آفرینش جهان می‌داند و معتقدند که ائمه اطهار نه آن‌که محل مشیت خدا باشند، بلکه عین مشیت و اراده او هستند و دلیل این امر را معصوم بودن اهل‌بیت می‌دانند. این دیدگاه یکی از عوامل غلوآمیز دانستن شیخیه و تکفیر آنها دانسته شده است.
ادعای شیخیه در باب رکن رابع و ناطق واحد یکی از زمینه‌های مهم زایش بابیت و بهائیت از درون اندیشه شیخیه است. شیخیه باقریه با رد نظریه ناطق واحد شیخیه کرمان و برائت از بابیت و بهائیت، راه خود را تا حدودی از سایر شیخیه جدا کرده است.
)